以下のコードは静的なページであれば、正しく読み込まれます。
<script src="js/main.js"></script>
しかしWordPressだと、このままのパスではJavaScriptファイルが読み込まれません。
このような場合は、<?php echo get_stylesheet_directory_uri(); ?>のコードを追加したらOKです。
<script src="<?php echo get_stylesheet_directory_uri(); ?>/js/main.js"></script>
WordPressではパスを繋ぎ直す必要があるので、JavaScriptファイルがもし読み込めていない時は注意してください。
